Moyen Âge
Peu d'éléments émergent avant 1300. Un chemin mène à Auxerre. Brienon semble relever du comté de Joigny, mais forme avec Bellechaume et Bligny un ensemble possédé par les archevêques de Sens qui eux, vivent dans le domaine royal. Saint Loup, 19e archevêque de Sens et natif de Brienon qui appartient à ses parents, y fonde l'église Saint-Martin. Il meurt à Brienon le 1er septembre 633, ayant légué le domaine à l' evêché de Sens. L'église Saint-Martin récupère une relique de lui (son cœur), le reste de son corps étant à l' abbaye Sainte Colombe de Sens. Guillaume de Brosse (70e archevêque de Sens 1258-1267), qui se retire à Brienon après avoir démissionné de sa charge à cause des infirmités de son grand âge, y meurt en 1269
En 1223, Gauthier le Cornu (67e archevêque de Sens1221-1241) achète la forêt de Rajeuse voisine de Brienon ; il en affecte les 3/4 à l'évêché et le reste aux chanoines. Les prélats, outre des fermes céréalières, disposent donc de vastes cantons de la forêt d'Othe. Ces deux éléments feront entre autres la fortune de la bourgeoisie de Brienon à travers les siècles (les revenus de la forêt, l'exploitation du bois et son transport, la culture de la vigne, le tissage, le tannage...). Aux abords orientaux se trouvent le domaine du compte de Troyes : la ville de Saint Florentin et les châteaux de ses vassaux situés à Venizy et Champlost. Sur l'autre rive de l'Armançon, les sires de Seignelay manifestent leur présence.
La ville est fortifiée durant la guerre de cent ans. Ces travaux sont une exception, car la politique officielle est de limiter le nombre de points fortifiés, mal défendus et refuges de troupes de pillards. Sans doute les archevêques de Sens, parfois véritables premiers ministres, ont-ils efficacement pesé sur la décision. L'habitat au bord de l'Armançon forme un faubourg. On jette par-dessus le bord du pont pour le tuer, un individu soupçonné d'être un écorcheur. Le Roi accorde son pardon.
Les chanoines de Brienon, acquièrent moyennant le paiement d'une rente viagère la cure de la paroisse de Brienon à la fin du XIVe siècle. Ils la desservent par un collègue collégié. La comptabilité du Chapitre tient un compte spécifique pour les mariages (clercs et lais, forains), et les sépultures (clercs, petits enfants) à partir de 1396. Il s'agit de ce fait du deuxième registre paroissial le plus ancien connu au monde, après celui de Givry au diocèse de Chalon. Malgré des lacunes, il cite 116 mariages et 351 sépultures jusqu'en 1446
En 1431 et 1434, lors de la guerre de cent ans, les Bourguignons s'emparent de Brienon.
Époque moderne
En 1536, le cardinal Louis de Bourbon-Vendom, 92e evêque de Sens (1536-1557) transforme en château « l'ostel » des archevêques à Brienon.
Au XVIe siècle, l'essentiel du foncier de la ville est la propriété du chapitre de la collégiale Saint-Loup de Brienon. Les canonicats sont investis par les rejetons de la bourgeoisie de Brienon et Saint-Florentin. L'archevêque dispose de trois agents sur place : le lieutenant (juge), le procureur-fiscal (= parquet) et le receveur. Un concierge garde le château. En l'an 1500, la liste nominative de redevables de la rente sur les chefs d'hôtel cite 678 individus dont 42 veuves
En 1593, le duc de Biron Charles de Gontaut-Biron prend Brienon à la Ligue
Au début du XVIIe siècle, Brienon devient la tête de pont du fret fluvial sur l'Armançon, remplaçant apparemment Laroche-Migennes dans cette fonction. Il est probable que des mariniers venus de Chatel-Censoir et de cette contrée aient formé les professionnels locaux au flottage de bois (compagnons de rivière). Le port était habité par des mariniers qui fabriquaient des trains de bois et les conduisaient à Paris par l'Yonne - des bois qui provenaient des forêts du tonnerrois et de l'auxois; l'Armance et le Créanton recevaient ceux de la forêt d'Othe. Les bois d’œuvre ou merrains étaient déposés dans le « petit port » en aval du pont
Au XVIIIe siècle, la ville de Brienon devient un très important centre de tissage de chanvre (jusqu'à cent tissiers). C'est sans doute la filasse produite lors du cardage du chanvre qui est responsable des graves incendies dont a été victime la ville. La manufacture de velours établie à Sens par l'archevêque dispose d'un atelier déconcentré à Brienon, confié à une demoiselle Ferrand.
Révolution française
Au début de la Révolution, la ville est candidate au statut de chef-lieu de district, mais Saint Florentin lui est préféré. Il s'ensuit des troubles, qui cessent avec l'installation de gendarmes au domicile des opposants.
Trois prêtres de la famille Hunot (dont des membres du chapitre de la collégiale) sont victimes des Pontons de Rochefort et déportés en Guyane . Ils ont été béatifiés. Les deux frères prêtres Pouillot se terrent durant toute la période. Ils étaient enseignants
Les travaux du canal de Bourgogne sont arrêtés pendant la Révolution. La tête de navigation reste bloquée à Saint-Florentin tandis que le creusement est abandonné en amont de Tonnerre entre 1790 et 1795, pour reprendre en 1808.
Le XIXe siècle
En 1812, on peut lire sur l'acte d'une donation : « Les bourgeois se cotisent et offrent une mairie à la ville ». En fait le bâtiment existe déjà, propriété de l'archevêque ; il héberge les chanoines.
Le 28 février 1814, des habitants favorisent l'évasion de prisonniers français escortés par des Autrichiens. Le capitaine Delattre ayant donné sa parole de ne pas s'évader est alors assassiné par des cosaques. Une rue de Brienon porte son nom.
La ville est à peine affectée par l'ouverture définitive du canal de Bourgogne (1832), peu avant l’arrivée du chemin de fer du PLM
En 1821, les grands moulins de l’Armançon sont construits et alimentés par un marché aux blés créé en 1858 et abrité sous une halle dédiée en 1884. En 1873 un industriel fait construire une sucrerie, dotée d’une cheminée de 36 mètres[24]. À la même époque, toutes les industries de la ville se développent. Les tanneries Joly-Dalbanne sont modernisées et agrandies[. Une usine à gaz de ville est aussi construite et alimente l’éclairage des rues[ Après avoir appris leur métier à Brienon dans un atelier décentralisé de la manufacture de velours de Sens, les Hoppenot se rendent à Troyes puis à Lyon pour y fonder une grande dynastie industrielle du textile.
Plusieurs députés sont issus de la bourgeoisie locale, traduisant son dynamisme et son entregent (Fernel (suppléant), Ferrand, Verrolot). Vers 1900, le docteur Leclerc réalise un pansement adhésif, parmi les premiers dans le genre. Un club de lecture de journaux est créé pour partager les frais d'abonnement aux journaux parisiens.
Un théâtre est décidé par le conseil municipal en 1829 ; il accueille de nombreuses troupes jusqu'à la fin du XIXe.
En 1920, la sucrerie est modernisée, avec une nouvelle cheminée de 76 mètres.
L'usine à gaz ferme en 1956, les tanneries en 1965, les grands moulins dans les années 1980
Appartenant à la Société nouvelle des sucreries de Chalon-sur-Saône, la sucrerie ferme en 1995, entraînant le licenciement de 46 personnes
