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Rattaché à l'abbaye de Saint-Germain d'Auxerre dès le IXe siècle. Les barons de Seignelay y possédèrent des droits importants au XIIe. Du XVIe siècle à 1715, c'est la maison d'Estampes, dont le représentant le plus connu est Jacques d'Estampes, maréchal de la Ferté-Imbault, serviteur de Louis XIII et de Richelieu. Le village passa ensuite aux mains des Montmorency
Il doit son nom à sa situation sur le sommet d'une colline (mont) et à Saint Sulpice, l'évêque de Bourges qui s'y serait arrêté en 615. en se rendant au concile de Reims.
Sur la commune, on peut voir des vestiges de la voie d'Agrippa. Des sarcophages mérovingiens y ont été découverts et sont visibles au musée d'Auxerre.
La Fontaine de La Douée (et son lavoir) est source de superstitions.
Personnalités liées à la commune
Dom Robinet, né à Seignelay, religieux du monastère de Chablis puis procureur de l'abbaye de Pontigny, a écrit le Cartulaire de l'abbaye de Pontigny
L'auteur et metteur en scène Etienne de Balasy y possède une maison de campagne.
Prosper Lafaye, né Prosper Lafaist le 23 septembre 1806 au Mont-Saint-Sulpice et mort le 3 mars 1883 à Paris, est un artiste-peintre de la Cour de Louis-Philippe, dessinateur et maître-verrier français. Son frère cadet, Benjamin Lafaye, également né au Mont-Saint-Sulpice le 6 juillet 1809 et mort à Aix-en-Provence le 5 janvier 1867, est un philologue et professeur de philosophie, qui termina sa carrière comme doyen de la Faculté des lettres d'Aix
 
La commune possède une église remarquable. Selon l'Abbé Cornat * qui cite la notice de M. Tarbé, la fondation de l'église de Mont-Saint-Sulpice semble remonter au Xe siècle : "On rapporte qu'une demoiselle de Lamark, dame de ce lieu, pour réparer les offenses commises envers Dieu par Raoul, fils de Richard duc de Bourgogne, 32e roi de France et qui mourut à Auxerre l'an 936, entreprit de faire construire cette église à ses frais, et vint à mourir lorsqu'il n'y avait encore que le chœur de bâti."
L'église se divise donc en deux parties bien distinctes* : la partie supérieure (le chœur et l'abside), qui date du milieu du XVIe siècle, et la partie inférieure, qui a été édifiée en 1830 sur les ruines de la vieille église romane mentionnée ci-dessus.

 
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